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En la temporada 2006/07, el Real Unión volvió a disputar la fase de ascenso, camisetas futbol baratas siendo eliminado en la primera de las dos eliminatorias que debía superar por el Alicante Club de Fútbol. Tras una temporada en Segunda, el equipo desciende a Segunda B. En la temporada 2010/11, el equipo acaba cuarto del Grupo II y disputa la fase de ascenso, en la que no supera la eliminatoria ante el Sevilla Atlético, tras ganar 2-1 en el partido de ida, pero perder 3-0 en el de vuelta. En esta última eliminatoria se enfrentó al Alcorcón, logrando un 0-0 en la ida e imponiéndose 3-1 en la vuelta disputada en un abarrotado Stadium Gal, donde los irundarras ya iban ganando 2-0 en el minuto 15 gracias a los tantos de Goikoetxea y por Eneko Romo. La final le enfrenta al Arenas Club de Guecho en el campo de Torrero de Zaragoza el 15 de mayo de 1927. El partido finalizó con 0-0 pero en la prórroga a falta de 3 minutos marcó Echeveste proclamando al Real Unión campeona de España por 3.ª vez. Aunque ese año no gana el Campeonato de Guipúzcoa, como subcampeón sigue participando en la Copa del Rey de Fútbol 1927. Elimina a Zaragoza y Athletic Club en octavos de final; al Sporting de Gijón en cuartos y al Real Madrid en semifinales.
En la década de los años 2000, se conmemora en 2002 con la emisión de un sello de correos, el centenario del primer club de fútbol irunés, el Irún Football Club, que en 1907 pasaría a llamarse Irún Sporting Club y que en 1915 da lugar al Real Unión. Los clubes fundadores del Real Unión, tenían cada uno estadio en propiedad, recintos donde se disputaron consecutivamente las finales de Copa del Rey de 1914 y 1915. El Racing de Irún jugaba en el Campo de Fútbol de Costorbe, lugar junto al que se construyó una década más tarde el Stadium Gal e inaugurado en 1911. Por su parte, el Sporting de Irún jugaba en el Campo de Fútbol de Amute, ubicado en el barrio homónimo del municipio de Fuenterrabía, colindante con Irún. En la siguiente temporada logra el 7.º lugar. Pese a ser derrotado en esta eliminatoria por el Cádiz, campeón del grupo IV, continúo en la fase de promoción a Segunda, enfrentándose en primer lugar al Sabadell, al que superó 0-1 en la ida y un 1-1 en la vuelta, alcanzando la tercera y última eliminatoria para ascender. En Liga, el equipo concluyó primero del grupo I de la Segunda División B, camiseta futbol 2024 clasificándose para disputar la eliminatoria de campeones de la fase de ascenso a Segunda División.
En Inglaterra 1966, fue eliminada en primera fase tras finalizar última del grupo 1 con solo un punto. Después de su paso por el C. F. Reus Deportiu, con el que permaneció dos temporadas, en segunda división B. En el verano de 2013, fue fichado por el Elche Club de Fútbol, que en el primer año lo cedió al Real Murcia C. F., de la segunda división, donde jugó poco y solo permaneció allí la primera parte de la temporada, regresando en la segunda para jugar con el filial del Elche. En la temporada 1929-30 el Real Unión logra su mejor clasificación en su historia en Primera División con una 6.ª plaza. En ese contexto, en la temporada 1931-32, el equipo acaba en la última plaza de la Primera División y desciende a segunda para no volver nunca más a la élite del fútbol español. Las temporadas 1958-59 y 1964-65 logró fugazmente volver a la segunda división para volver a caer a tercera. Como ganadora de 3 títulos de Copa, el Real Unión fue incluida por méritos propios en la Primera División de España 1928/29 de 10 equipos que comenzó en febrero de 1929. Las primeras temporadas de Liga marcan el rápido declive del que muchos habían considerado el mejor club amateur del fútbol español.
Al año siguiente, en 1928 se crea el Campeonato de Liga, que con el tiempo supondría el declive de los campeonatos regionales, que fueron languideciendo y perdiendo interés hasta desaparecer a finales de la década siguiente, mientras que el Campeonato de España cambiaría su formato convirtiéndose en un torneo de Copa. La creación de la Liga supuso además un espaldarazo definitivo en el proceso de profesionalización del fútbol que ya estaba bastante avanzado a mediados de la década de 1920. En un plazo no muy largo supuso un inexorable declive del Real Unión, que con una base de aficionados menor que los equipos de las grandes ciudades como San Sebastián no podía mantener a sus mejores jugadores en el marco de un fútbol profesionalizado. ↑ «La final de la Supercopa: un título que lo jugarán dos equipos que no ganaron ni Liga ni Copa». Consultado el 17 de marzo de 2015. «A los 33 años, marcó el cuarto gol de su equipo, cuando sólo restaban cinco minutos para el final. El fútbol playa es una variante del fútbol asociación que se juega sobre una superficie de arena lisa, entre dos equipos de cinco jugadores cada uno, y cuyo objetivo es marcar más goles que el equipo contrario, sin tocar la pelota con la mano, a excepción de los arqueros.
