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Solo Franz Roth se incorporó camisetas fútbol al club. En la final contra el Colonia, Bernd Rupp anotaría el 0:1 para el Colonia, mientras que Franz Beckenbauer empató a los 53′. Franz Roth había sido sustituido al 68′ por Edgar Schneider, quien lograría marcar al 118′ para darle el triunfo al Bayern. En su primer año como entrenador, Zebec llevó al Bayern a ganar la liga y la copa por primera vez en la historia del club. El reinado de Hitzfeld acabó en 2004, a causa de esto el Bayern perdió desempeño, incluyendo una derrota en la Copa de Alemania contra el Alemannia Aquisgrán -equipo de la 2. Bundesliga-. En el choque de cuartos de final contra el Manchester United, el Bayern logró un resultado similar a sus encuentros contra Fiorentina, empatando 4:4 y progresando para las semifinales de la Liga de Campeones por la misma regla del gol de visitante. Sin embargo, pocos días después elimina al Real Madrid en una «agónica» tanda de penaltis -el resultado tras ambos encuentros fue de 2:1 favorable al conjunto que actuaba como local- en la que Philipp Lahm y Toni Kroos fallaron, mientras que Cristiano Ronaldo, Kaká y Sergio Ramos erraron por parte del club español.
Una temporada más tarde el Bayern conquistó su cuarto doblete, dirigiendo la liga por un margen estrecho. La temporada 2013-14 comienza con un relevo en el banquillo: Pep Guardiola sucede a Jupp Heynckes con el reto de mantener el elevado listón que le dejó este. En una reunión celebrada el 2 de julio de 1957, presidida por el coronel Edward Potorejko, se aprobaron los estatutos del club y se seleccionaron a los once miembros que conformarían el consejo de dirección del CWKS. 1 de julio tras haber firmado un contrato de dos años. Los goles del equipo del Parque de la Independencia fueron anotados por Atilio Badalini en dos oportunidades y uno de Julio Libonatti. Entonces, debido a que Paraguay y Brasil terminaron con la misma cantidad de unidades, se debió recurrir a un decisivo partido de desempate que lo ganó Paraguay por la cuenta de 3-2 el 1.º de abril de ese año, con goles de Atilio López, Manuel Gavilán y Rubén Fernández, para de esa forma alzarse con su primer trofeo oficial. En la temporada 1990-91, la situación se invirtió en comparación con la temporada anterior: el pésimo inicio supuso el cese fulminante de José Víctor Rodríguez de Miguel como entrenador y la llegada de Vicente Carlos Campillo al banquillo; con él llegaron las victorias que colocaron al Hércules en el primer puesto de la clasificación durante un par de ocasiones, pero en el partido decisivo se perdió de forma calamitosa ante el Cartagena por 0-3 cuando faltaba sólo un punto para clasificarse para la promoción de ascenso.
Después de la primera ronda, el equipo dejó marca de 15 victorias y 46 puntos, siendo esta la quinta vez que el Bayern lideraba la primera vuelta de forma consecutiva, consiguiendo además ocho puntos sobre su más cercano perseguidor: el Borussia Dortmund. En la primera temporada de Hitzfeld, el Bayern conquistó la Bundesliga y estuvo cerca de conquistar la Liga de Campeones, pero perdieron 1:2 contra el Manchester United en el tiempo extra después de estar ganando en la mayor parte del partido. Ángel Di María, procedente del Manchester United. La insignia verde surge como color de la Acción Católica, siendo el resto del uniforme blanco y negro. En la temporada 1999/2000, Félix Arnáiz Lucas dirige al equipo desde el comienzo de la temporada y el equipo acaba 3.º con Roberto Peragón como estrella del equipo. La siguiente temporada no fue el año de los de Baviera. Un joven Franz Beckenbauer ganaría además el premio al futbolista alemán del año. En el campo, Paul Breitner y la joven promesa Karl-Heinz Rummenigge, hicieron que el club fuese llamado como el «FC Breitnigge», ya que ambos condujeron al equipo hacia los títulos de la Bundesliga en 1980 y 1981. En 1982 se jugó la final de copa ante el Núremberg, donde después de ir perdiendo 0:2, el Bayern remontó y acabó ganando por 4:2 -Dieter Hoeneß con la cabeza ensangrentada, y cubriéndose la herida con un vendaje marcó un gol-.
Copa de Campeones de Europa. Finalmente el Bayern acabó nuevamente la temporada sin títulos, al perder las finales de Copa -5:2 ante el Borussia Dortmund- y Liga de Campeones -por penaltis-. En Europa, el Bayern no podría pasar de los cuartos de final de la Liga de Campeones de la UEFA 2016-17 al ser eliminado nuevamente por el Real Madrid en otra edición de «el clásico europeo», cortando así el hito de haber estado en cinco semifinales consecutivas de dicho torneo. En la temporada de 1999-00 el Bayern ganó su tercer doblete. La temporada de 1975-76 no fue buena durante el mando de Cramer, debido a que antes del parón invernal ocuparía la décima posición en liga. El domingo 18 de diciembre de 2016, se jugó el partido correspondiente a la jornada 19 de liga contra el CD Boiro, encuentro que concluyó con el resultado de 0-2 para el cuadro gallego y que supuso el último partido de Juan Carlos Barriocanal como presidente del Burgos Club de Fútbol.
